P. Pio visse la S. Messa come reale esperienza del sacrificio di Gesù. Così aveva il prezzo delle anime immortali sempre davanti agli occhi e nello stesso tempo fra le mani il mezzo efficace per aiutarle. Tutti, vivi o defunti, potevano far visita al sacerdote stigmatizzato e pregarlo perché celebrasse la S. Messa per le loro intenzioni.

Fin da bambino P. Pio ebbe una relazione particolare con le anime del purgatorio. Esse avevano un posto speciale nelle sue preghiere quotidiane e, più tardi da padre cappuccino, nelle sue S. Messe. Alla memoria dei defunti, durante il `Memento', dedicava normalmente un quarto d'ora! Il Santo, che poté dire: "Non vivo più con il mio cuore, ma con il cuore di Dio ", era disposto ad assumersi qualunque cosa per i sofferenti nel purgatorio, per abbreviare loro il tempo doloroso della purificazione. Poco dopo la sua ordinazione sacerdotale, nel 1910, il padre cappuccino di soli 23 anni, per una sua esigenza interiore, chiese a P. Benedetto, suo padre spirituale, di potersi offrire a Dio al posto dei poveri peccatori e per le anime del purgatorio. Appena ottenuto il permesso, gli apparvero innumerevoli defunti, che vedeva con i suoi occhi e chiedevano il suo aiuto sacerdotale. Fra essi vi fu anche il defunto parroco di Pietrelcina, Don Giovanni Caporaso, quando P. Pio, per motivi di salute, dal 1910 al 1916, si trovò nel suo paese natale. Don Caporaso si inginocchiava vicino all'altare maggiore della sua exparrocchia e molto assorto in preghiera seguiva la celebrazione della S. Messa da parte di P. Pio; quasi come se Dio avesse "aspettato" a permettere il suo "ritorno" al suo luogo di attività, fin quando non fosse stato ordinato il cappuccino. Quando era in vita, il parroco, di solito, non faceva il ringraziamento dopo la S. Messa mattutina per raggiungere velocemente i suoi amici e parlare con loro delle novità del giorno. Per le S. Messe, celebrate con tanto amore da P. Pio, ricevette la grazia della liberazione.

Durante i 52 anni, in cui il santo visse a San Giovanni Rotondo e accolse migliaia di persone che cercavano aiuto e consiglio, il rapporto con le anime del purgatorio fu per lui così naturale che confidò ai suoi confratelli: "Vengono più anime dal purgatorio che vivi su questo monte per partecipare alle mie S. Messe e chiedermi preghiere per loro ". Quando veniva a conoscenza della morte di qualcuno, subito celebrava una S. Messa per quell'anima. Instancabile e convincente Padre Pio chiedeva ai seminaristi del convento, affidati alle sue cure, ai suoi confratelli ed anche ai suoi penitenti di onorare e aiutare i defunti.

Ai cappuccini, che vivevano nel monastero con il padre stigmatizzato, lo straordinario non faceva più paura. Capitava che mentre la comunità la sera era riunita nel refettorio per un semplice pasto, P. Pio si alzasse e con una certa fretta andasse alla porta del convento. Solitamente alcuni confratelli andavano con lui. P. Pio apriva la porta e iniziava un dialogo, ma non si vedeva nessuno. Senza comprendere, i confratelli osservavano questa particolare conversazione fin quando il padre spiegava loro: "Non preoccupatevi, ho parlato con alcune anime che venivano dal purgatorio ed ora sono sulla via verso il Paradiso.

Sono passate qui per ringraziare che questa mattina ho pensato a loro durante la S. Messa ". Poi tornava con tutta tranquillità in refettorio, come se nulla fosse successo.

Spesso P. Pio sperimentò come talvolta le anime del purgatorio tornano sul luogo in cui hanno peccato, per vivere lì il loro purgatorio. Così fu per il suo parroco di Pietrelcina. Fu anche il caso di Pietro Di Mauro, che più volte si era trovato nel convento di San Giovanni Rotondo come mendicante. Coricato sul suo materasso di paglia, si era addormentato con un sigaro acceso ed era rimasto soffocato dal fuoco. Poté tornare in questo luogo come povera anima. Dopo che Di Mauro ebbe confessato a P. Pio la sua morte, avvenuta per propria colpa, lo pregò: "Sono ancora nel purgatorio e ho bisogno di una S. Messa. Il Signore mi ha permesso di chiederti aiuto". P. Pio promise di esaudire il giorno seguente il suo desiderio e poté vedere l'anima entrare in Paradiso durante la celebrazione della S. Messa.

Anni dopo, di notte nel convento P. Pio vide sorpreso quattro cappuccini a lui sconosciuti, con i cappucci in testa, seduti intorno al fuoco senza dire una parola. Il suo saluto: "Sia lodato Gesù Cristo" non ebbe risposta, però poté notare segni di sofferenza sui loro volti. Si presentò a riferire al suo superiore della strana visita inaspettata e insieme andarono sul posto, però delle quattro persone non c'era più traccia. P. Pio solo allora capì che erano "quattro confratelli morti, che dovevano scontare il loro purgatorio in quel luogo dove avevano offeso il Signore. Ho pregato tutta la notte davanti al Santissimo per la loro liberazione dal purgatorio ".